(一)办公室
负责文电、档案、会务、机要、安全保卫、宣传报道、对外合作等工作;负责财务、资产管理和后勤等工作;负责人事工作;负责重大事项督办工作;负责信息化建设工作。
(二)综合业务部(加挂标准化信息所牌子)
负责样品接收、流转和样品库房的管理;负责检验报告、检定证书的打印、发放和管理;负责检验数据统计上报工作;负责检验耗材、消耗品的采购工作,负责易制毒试剂的申购、管理工作;负责标准信息服务工作。
标准化信息所—负责科研管理工作。包括组织中心年初科研工作计划、制定立项在研项目的考核细则、年终对科研工作的考核、奖励工作;制定、完善和管理科技工作相关制度;中心科研项目的立项、申请、验收、结题、成果鉴定等相关工作;学术论文的撰写和发表;负责组织参加地方规范、省级地方标准、国家标准的制修定工作。
(三)质管部
负责质量体系的起草、修订、运转和维护;负责仪器设备、标准物质、标准菌株管理;负责技术资料管理;负责人员培训;负责机构考核(核准);对各项检验检定工作进行监督。
(四)食品检验所
负责食品检验和风险监测工作。承担国家普洱茶产品质量监督检验中心的检验检测任务。
(五)计量测试所
负责计量检定、校准、测试工作。
(六)特种设备检验所
负责特种设备检验工作。
(七)轻工建材检验所
负责除食品外的产品质量检验检测工作。